Chacun de ces synonymes, autochtone, indigène ou aborigène, a une histoire différente qui détermine son emploi.
Autochtone
Le terme « autochtone » vient du grec autokhthôn, « issu du sol même, indigène », de autos, « même », et khthôn, « terre ». Un autochtone est personne qui habite la terre où elle est née, elle n’est pas sur le territoire où elle se trouve par l’immigration. Le terme s’oppose à allogène, « d’une origine différente de la population autochtone » (du préfixe grec allo-, « différent, autre », et du suffixe -gène, « qui engendre »).
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Indigène
Indigène vient du latin de même sens indigena, de indi, forme archaïque de in pour « dans », « à l’intérieur », et d’un dérivé de genere, « engendrer ». Rabelais (mort en 1553) l’a emprunté au latin pour l’introduire en français. Un indigène est une personne originaire de la terre ou du pays où elle se trouve. Cependant, ce mot est chargé par l’histoire coloniale. Les indigènes étaient, contrairement aux citoyens français, les populations originaires des territoires colonisés par la France (les sujets français), soumises au « régime de l’indigénat » ou « Code de l’indigénat« , ensemble disparate de réglementations qui, de sa généralisation en 1887 à sa disparition en 1946, les privait de leurs droits individuels et politiques, et prévoyait un arsenal répressif et avilissant. En référence à cet statut, un film de 2006 de Rachid Bouchareb, racontant la Deuxième Guerre de trois tirailleurs algériens et d’un goumier marocain, a été nommé Indigènes. On peut estimer toutefois que cette charge historique disparaît à mesure que l’histoire coloniale s’éloigne.
Aborigène
Du latin aborigines, de ab, dès, à, depuis, et origo, origine (« dès l’origine », « depuis l’origine »), et qui désignait les premiers habitants du Latium (la région autour de Rome). En français, aborigène désigne quasi exclusivement les populations indigènes d’Océanie (les Aborigènes d’Australie par exemple).
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