Pharmacie est une réfection grécisante (le mot a été refait sur le modèle grec) de farmacie (XIVe siècle), emprunté au bas latin pharmacia, « ensemble des médicaments », du grec pharmakeia, φαρμακεία, « usage de drogues, médicaments, sorts, potions » et par métonymie, « médicaments ». Ce mot grec a lui-même été dérivé de pharmakon, φάρμακον, « substance par laquelle on altère la nature d’un corps, bienfaisante ou malfaisante ». Le Pharmakon pouvait donc être un poison ou un remède. Selon un court texte de 1935 de la Revue d’histoire de la pharmacie, la racine pharma serait médo-pontique (du royaume du Pont, royaume de l’Antique Anatolie, et des Mèdes, peuple iranien) et signifierait « chaud », et la racine akon désignerait le remède en poésie homérique. Pharmakon désignerait donc le remède chaud, l’infusion. Cette explication semble un peu forcée. Néanmoins, l’origine du terme qui a donné notre « pharmacie » moderne semble être pré-grecque. D’autres hypothèses existent sur son origine, mais les auteurs du Dictionnaire historique de la langue française (Robert) les jugent peu satisfaisantes.
Il faut ajouter qu’existait en Grèce antique un rite consistant à expulser de la cité un bouc émissaire, le pharmakos, pour mettre fin à une crise ou à un désastre. L’effet de ce rituel comme celui des des pharmakon était considéré comme divin par les Grecs .
En moyen français, la pharmacie désignait le processus par lequel on purgeait quelqu’un par une drogue. Il désigna ensuite l’art de composer les remèdes (sens que l’on retrouve dans la 1re édition du Dictionnaire de l’Académie française, 1694), puis, au XVIIIe siècle, l’ensemble des médicaments dont on disposait chez soi (armoire à pharmacie). Pharmacien était aussi en usage. Toutefois, ce nom n’a pas remplacé immédiatement apothicaire, qui était encore en usage au XVIIIe siècle (une déclaration royale du 25 avril 1777 donna son indépendance à la corporation des apothicaires qui fut nommée « Collège des pharmaciens », dissous en 1791).
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